Skjoldet fremstår i farverne blåt og sølv og illustrerer havet og den høje himmel.

Søhesten understreger stedets beliggenhed ved havet og antallet af dem hentyder til de to gamle sogne, der nu danner fællesskabet - Fanø Kommune.

Dyrene giver associationer i retning af havet, som bestemmer livet for øboerne og er forbindelsen til alle verdenshave.

Fanø Kommunevåben er tegnet af Th. Neis.

Herefter godkendt af Fanø Byråd den 8. marts 1993 og den 6. august 1993 afsløret af Hans Kongelige Højhed Prins Henrik.